El 30 de noviembre de 1803, una corbeta zarpa del puerto de A Coruña entre vítores y aplausos. En su interior viajan veintidós niños huérfanos cuya misión consiste en llevar la recién descubierta vacuna de la viruela a los territorios de Ultramar.
Los acompaña Isabel Zendal, encargada de cuidarlos.
Los héroes de esta descabellada expedición sobrevivirán a temporales y naufragios, se enfrentarán a la oposición del clero, a la corrupción de los oficiales y a la codicia de quienes buscan lucrarse a costa de los desamparados.
Al final esta aventura se convirtió en la mayor proeza humanitaria de la Historia, debido al coraje de aquellos niños que se vieron abocados a salvar las vidas de tantísima gente y al arrojo de los dos directores, hombres sin miedo que se disputaron el amor de la única mujer a bordo.
Los protagonistas de A flor de piel, desgarrados entre la pasión de salvar al mundo y la necesidad de salvarse a sí mismos, son como luces en el horizonte oscuro del final de una época.